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环状RNA芯片定制检测服务
实验技术简介: 环状RNA (ircRNA) 是区别于传统线性RNA的一类新型RNA,具有闭合环状结构,大量存在于真核转录组中。大部分的环状RNA是由外显子序列构成,在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。由于环状RNA对核酸酶不敏感,所以比线性RNA更为稳定, 这使得环状RNA在作为新型诊断标记物的开发应用上具有明显优势。近来研究显示,环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用,称之为竞争性内源RNA (ceRNA) , 能竞争性结合miRNA。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。
实验操作流程:
1、样品RNA抽提
2、RNA质量检测
①使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
②用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳,检测RNA纯度及完整性。
③提供RNA QC报告。
3、RNase R处理
4、cDNA/aRNA样品合成和标记
5、标记效率质量检测使用Nanodrop检测荧光标记效率,标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。
6、芯片杂交
在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。
7、图像采集和数据分析
使用GenePix 4000B芯月扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。
8、提供实验报告
①Scanning Image: Cy3荧光扫描图像;
②Scatter Plot:散点图,X轴为Control信号值,Y轴为Experiment信号值, 表示信号数据总体分布趋势;
③Raw Data:探针的扫描荧光信号强度原始数据;
④Normalized Data:经过统计学方法标准化后数值;
⑤P-value: T-test统计分析显著差异表达的基因,p-value越小, 该circRNA在两组样本间差异表达越显著
⑥significant Up & Down Regulated CircRNA List:显著差异表达的circRNA列表包含Fold Change, p-valuel以及circRNA的详细注释信息(相应的线性mRNA和miRNA结合位点)。
客户提供:
1、实验对象为组织样品,取适量(50-100mg) 新鲜组织样品或正确保存的组织样品,使用
BioPulverizer TM冰冻粉碎组织,加1m的RNA抽提试剂TRIzol (Invitrogen) ,使用Mini-Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA。
2、实验对象为细胞样品,每份样品取1x106~ 1x107细胞,加1m的RNA抽提试剂TRIzol (样品为贴壁细胞,每10cm2培养皿TRIzo1使用量为1ml),裂解后抽提RNA。
交付标准:
1、芯片检测数据
2、完整的实验操作规程、实验报告(含软件分析结果)以及实验材料
实验代做服务:
ELISA试剂盒免费代检测 | CCK8检测 | 基因组DNA提取
| 蛋白相互作用分析 |
Western Blot
| 免疫组化 | 荧光定量PCR | 动物模型服务 |
流式细胞检测 | 细胞增殖 | 激光共聚焦 | DNA甲基化实验 |
细胞划痕 | 钙离子浓度检测 | 扫描电镜实验 | microRNA 测序 |
动物实验 | Taqman探针 | ATP/ADP检测
| 石蜡/冰冻切片 |
定点突变 | 线粒体膜电位(MMP)检测 | 细胞生长曲线的测定 | 药理毒理动物实验
|
免疫共沉淀 | 真核表达载体构建 | 染色质免疫沉淀CHIP | 非标定量(Label-free)实验 |