RNA绑定的DNA和蛋白相互作用: CHIRP

免疫共沉淀实验(Chromatin Isolation by RNA Purification, CHIRP)是-种检测体内与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法，可同时分析IncRNAcircRNA、蛋白及DNA三者互作关系。

CHIRP实验意义

IncRNA可与蛋白质、DNA和RNA相互作用，实现多样化功能，CHIRP可以探讨IncRNA与其互作的DNA.蛋白质的功能与作用机制，是相关科学研究工作的有力工具。IncRNA的研究在表观遗传调控等生命活动中发挥重要作用，CHIRP是研究

IncRNA的重要技术手段，可在全基因组范围内鉴定RNA与染色质的互作，并对其进行定性、定量及定位的分析。

CHIRP实验原理

CHIRP (Chromatin Isolation by RNA Purification)是通过结合生物素的核酸探针，将目标RNA拉下来,与之共同作用的DNA染色体片段(DNA与蛋白质复合体)就会被吸附下来，后可以通过qRT-PCR. WB.测序分析和质谱分析等检测RNA. DNA和蛋白质。

CHIRP的实验流程

①探针设计:设计反义穿核苷酸探针:

②细胞培养;

③破碎细胞:

④生物素标记的DNA探针与RNA杂交;

⑤CHIRP;

⑥RNA、DNA及核酸结合蛋白提取; .

⑦分析检测。,

结果展示

实验完成周期及交付标准

1.实验周期: 1-3个月

2.交付标准: CHIRP鉴定结果报告、分析报告、实验报告(试剂、 耗材、实验步骤)、原始数据等

实验需与客户确认的信息

1.目的基因与蛋白信息。

2.样本类型与种属

3.是否需要生信分析

参考文献

[1]lyer S , Modali S D , Agarwal S K. The Long Non-Coding RNA MEG3 is an Epigenetic Determinant of OncogenicSignaling in Functional Pancreatic Neuroendocrine Tumor Cells[J]. Molecular and Cellular Biology, 2017:MCB.00278-17.

[2] Chu C , Chang H Y . Understanding RNA-Chromatin Interactions Using Chromatin Isolation by RNA Purification(ChIRP).[J]. Methods in Molecular Biology, 2016, 1480.

[3]ZhuJJ,FuHJ , Wu Y G , et al. Function of IncRNAs and approaches to IncRNA-protein interactions[J]. Science

China Life Sciences, 2013, 56(10):876-885.

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